Depuis la nuit des temps, les templiers cachent et protègent le Saint-Graal, cette coupe mystérieuse qui aurait le pouvoir de réaliser tous les voeux possibles et imaginables. Mais il y a bien longtemps malheureusement, cet objet a été dérobé. Par qui, par quoi, personne ne le sait. Pour le retrouver, les templiers se sont tournés vers l'alchimie et la magie noire. Ils ont ainsi transmis leur savoir-faire aux générations futures, qui prendraient la relève dans cette quête.

Mais depuis, cette quête du Graal est devenue une guerre du Graal. L'objet est tombé entre de mauvaises mains, et il faut user de la force pour l'obtenir. Ainsi, les familles descendant des templiers furent pour la plupart formées à se battre dans le but de récupérer cet coupe mirobolante, convoitée de tous.
Certains ignorent tout de cette guerre et se retrouvent du jour au lendemain à devoir se battre pour leur voeux, et pour leur vie. Ces combattants, au nombre de sept à chaque confrontation, sont appelés des Masters. Les Masters, en grande partie des magiciens, sont les stratèges de cette guerre, ce sont eux qui mèneront la danse jusqu'à à son dénouement.

Heureusement, les Masters ne sont pas seuls, ils font équipe avec des Servants, qui les protègent et combattent avec eux. Les Servants sont des esprits du passé, des âmes héroiques, qui ont été matérialisés par la manifestation du pouvoir d'un Master. Lorsqu'un Master déclenche son pouvoir, qu'il le fasse exprès par le biais d'une invocation ou que cela soit accidentel, cela signifie qu'il a été choisi pour la guerre, et ainsi son Servant apparait. Le Servant est au service de son Master, et dispose de pouvoirs dépassant l'entendement. Ils sont divisés en huit classes: Saber, Archer, Lancer, Caster, Assassin, Berserker, Rider et Avenger, chacun ayant ses capacités propres et un domaine de prédilection.

Les couples ainsi formés s'affrontent dans une lutte sauvage, avec tous un seul et même objectif: mettre la main sur le Saint Graal et réaliser leur voeu le plus cher.

Aujourd'hui débute la sixième Guerre du Graal à Misaki City. Cependant, on dirait que la sainte relique a un petit problème... Le nombre de Servants semble être illimité! Participerez-vous , vous aussi, à cette bataille légendaire?